Посредством этих и более традиционных расследований, касающихся нарушения границ и антимонопольного законодательства, Бюро повышает свой авторитет. Хотя Администрация Хардинга пострадала от неквалифицированных, а иногда и коррумпированных, чиновников среди профессиональных спецагентов Министерства юстиции, традиция реформ Прогрессивной Эры продолжалась. Новый Директор Бюро, Уильям Дж. Ожоги, до этого управлявший собственным детективным агентством, назначил 26-летнего Дж. Эдгара Гувера Помощником директора. Гувер, дипломированный специалист Юридической школы Университета Джорджа Вашингтона, работал в Министерстве Юстиции с 1917, где возглавлял операции против иностранных врагов во времена Первой Мировой Войны и содействовал Главному Разведывательному Отделу при Генеральном Прокуроре А. Митчелле Палмере, преследуя подозреваемых в анархизме и коммунизме.
После смерти Хардинга в 1923, его преемник, Кэлвин Кулиддж, провёл замены приближённых Хардинга в Кабинете. Новым Генеральным Прокурором, Кулиддж назначил поверенного Харлана Фиск Стоуна. 10 мая 1924 Стоун выбрал Гувера на должность главы Бюро Расследований. Своей увлечённостью и образованностью Гувер воплощал Прогрессивную традицию. Его назначение гарантировало, что Бюро Расследований поддержит эту традицию.
Когда Гувер вступал в должность, в Бюро входило около 650 служащих, включая 441 специального агента, которые работали в полевых офисах в девяти городах. К концу десятилетия было уже приблизительно 30 полевых офисов с дивизиональными штаб-квартирами в Нью-Йорке, Балтиморе, Атланте, Цинциннати, Чикаго, Канзас-Сити, Сан-Антонио, Сан-Франциско, и Портленде. Он немедленно уволил тех агентов, которых считал неквалифицированным и перешел к профессионализации организации. Например, Гувер отменил правило поощрения по старшинству и ввёл однородные оценки работы. В начале десятилетия, Бюро Расследований основало полевые офисы в девяти городах. Он также наметил регулярные осмотры операций во всех полевых офисах. В январе 1928 года Гувер установил формальный учебный курс для новых агентов, включая требования к новым агентам, по которым их приемлемый возраст составляет 25-35 лет. Он также вернулся к более раннему предпочтению специальных агентов с юридическим или бухгалтерским опытом. Новый Директор также отлично понимал, что Бюро Расследований не могло бороться с преступлениями без общественной поддержки.
В замечаниях, подготовленных для Генерального прокурора в 1925, он написал: «Агенты Бюро Расследований были поражены тем фактом, что реальная проблема правоохранительной деятельности заключается в попытке получить сотрудничество и симпатию людей, и что они не смогут даже надеяться на такое сотрудничество, пока сами не заслужат их уважение». Также в 1925, агент Эдвин К. Шанахан (фото справа) стал первым агентом, убитым автоугонщиком при исполнении служебного долга.
В ранние дни руководства Гувера была достигнута долго преследуемая цель американской правоохранительной деятельности: учреждение Подразделения Идентификации. Отслеживание преступников с помощью средств идентификации с 19-ого века считали решающим инструментом правоохранительной деятельности, и соответствие отпечатков пальцев считали самым точным методом. К 1922 множество крупных городов начали собирать собственные коллекции отпечатков пальцев.
В сохранение Прогрессивной традиции федеральной помощи округам в 1905 году Министерством Юстиции было создано Бюро Идентификации Преступников для обеспечения централизованного сбора коллекции карточек с отпечатками пальцев. В 1907 в целях экономии средств, собрание было перемещено в Левенворский Федеральный Исправительный дом, где было укомплектовано отпечатками преступников. С понятным подозрением к этому мероприятию, полицейские департаменты сформировали своё собственное централизованное бюро идентификации, субсидируемое Международной Ассоциацией Начальников полиции. Оно отказалось делиться данными с Бюро Криминальных Расследований. В 1924 Конгресс убедили объединить два этих собрания в Вашингтоне, округ Колумбия, под контролем Бюро Расследований. В результате к 1926 году агентства правоохранительной деятельности по всей стране стали вносить карты с отпечатками пальцев в Бюро Расследований.
К концу десятилетия в отдельный институт выделилось обучение специальных агентов, окончательно устоялась система инспекции полевых офисов, Национальный Отдел Идентификации и Информации собирал и накапливал однородную статистику преступлений для Соединенных Штатов. Кроме того, «сырая» методика исследований привела к созданию Технической Лаборатории и Стандартизированных Отчётов о Преступлениях. Бюро было экипировано для того, чтобы покончить с «годами беззакония».
